Вид кажанів, що описаний лише два десятиліття тому. В Україні вперше виявлений на Ніжинщині весною 2000 року. Нетопир пігмей є видом-двійником з групи "малих" нетопирів (Pipistrellus pipistrellus s. lato), до якої входять два види:
Морфологічні відмінності між ними вкрай незначні, проте види добре відрізняються за молекулярно-генетичними даними. У теренових умовах види розрізняють за двома системами ознак:
Цей вид широко поширений по Європі та в прилеглих регіонах. В Україні — один з 4-х видів нетопирів, відомий тепер з усіх регіонів країни. Більшість знахідок походить з північних і східних областей. У період міграцій зустрічається й на півдні, зокрема і в Криму.
Як і всі види європейських кажанів, охороняється згідно з угодою EUROBATs, підписаною і Україною. 2009 року вид внесено до Червоної книги України (категорія "неоціненний"), щоправда під вернакулярною назвою іншого виду ("нетопир-карлик"), проте з науковою назвою Pipistrellus pygmaeus[2].