Pancrustacea definieras som en klad, som innehåller alla kräftdjur och sexfotingar (insekter m.fl.).[1][2][3] Nyare forskning har visat att den traditionella gruppen "kräftdjur" är parafyletisk och att insekter m.fl. i själva verket måste placeras som en undergrupp till denna, som visas i nedanstående kladogram.[4].
Motsatsen till Pancrustaceateorin är en modell i vilken mångfotingar and sexfotingar är systergrupper, och kräftdjuren mera avlägset släkt med dessa. Den förmodade kladen av mångfotingar och sexfotingar kallades antingen enkelbensleddjur, Uniramia, (baserat på deras ogrenade extremiteter, till skillnad från kräftdjurens Y-formiga extremiteter), eller trakédjur, Tracheata (baserat på att båda grupperna andas med trakéer). Ingen av dessa båda karaktärer anses dock idag vara en äkta synapomorfi.
Kladen Pancrustacea stöds av både molekylära data och morfologiska karaktärer. För närvarande är Pancrustaceateorin allmänt accepterad bland specialister.[5]
Myriapoda (mångfotingar)
Ostracoda (musselkräftor)
Branchiura (karplöss)
Pentastomida (tungmaskar)
Mystacocarida
Branchiopoda (bladfotingar)
Copepoda (hoppkräftor)
Malacostraca (högre kräftdjur)
Thecostraca
Collembola (hoppstjärtar)
Diplura (larvborstsvansar)
Insecta (insekter)
Hur Pancrustacea placeras i ett större sammanhang framgår av nedanstående kladogram:
PanarthropodaOnchyophora (klomaskar)
Tardigrada (björndjur)
Chelicerata (palpkäkar)
Myriapoda (mångfotingar)
Ostracoda, Branchiura, Pentastomida, Mystacocarida
Branchiopoda, Copepoda, Malacostraca, Thecostraca