쌀물쥐속(Sigmodontomys)은 비단털쥐과 쌀쥐족에 속하는 설치류 속이다.[1] 남아메리카물쥐속(Nectomys)과 검은쌀쥐속(Melanomys)에 가까우며, 남아메리카물쥐속에 포함시키기도 한다. 알파로쌀물쥐와 해리스쌀물쥐 2종을 포함하고 있지만 더 가까운 근연종이 있는 지는 불확실하다.[2]
다음은 2006년 웩슬러 등(Weksler_et_al..)[2]의 연구에 기초한 계통 분류이다.
쌀쥐족우카얄리물쥐속, 맥코넬쌀쥐속, 핸들리쥐속, 큰머리쌀쥐속, 해먼드쌀쥐속, 톰스쌀쥐속,
나무쌀쥐속, 안데스횡단쌀쥐속
해안쌀쥐속, 세하두쌀쥐속, 흰반점산악쥐속, 회색쌀쥐속, 습지쥐속, 큰습지쥐속, 검은쌀쥐속,
남아메리카물쥐속, 갈라파고스쌀쥐속, 쌀쥐속, 브라질가짜쌀쥐속, 쌀물쥐속, 파라과이쌀쥐속