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Bidnaviridae ( German )

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Bidnaviridae bezeichnet eine Familie von Viren, die monotypisch im Phylum Cossaviricota ist. Es gibt in der Familie zur Zeit (Ende März 2021) nur eine einzige offiziell vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bestätigte Gattung, Bidensovirus, und in dieser nur eine anerkannte Spezies, Bombyx mori bidensovirus (BmDNV). Bidensovirus ist eine Gattung von Einzelstrang-DNA-Viren, die wirbellose Tiere infizieren. Ursprünglich schienen zwei Arten dieser Gattung (BmDNV-2 und BmDNV-3) den Parvoviridae (Unterfamilie Densovirinae) nahezustehen. Aufgrund fehlender Unterschiede zwischen diesen Beiden angenommenen Arten, aber signifikanter Unterschiede zu den Parvoviridae wurde dann eine einzige Spezies mit der bezeichneten neuen Gattung und Familie eingerichtet.[2][3] Die Klade bildet innerhalb des Phylums Cossaviricota die (wesentlich kleinere) Schwesterklasse Mouviricetes der Papovaviricetes mit den Papillom- und Polyomaviren.[1]

Beschreibung

Die Viruspartikel (Virionen) sind ikosaedrisch (mit Triangulationszahl T=1), nicht umhüllt und haben einen Durchmesser von ca. 25 nm. Sie enthalten zwei Strukturproteine, das Kapsid selbst besteht aus 60 Kopien des CP-Proteins.[4]

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Genomkarte der Gattung Bidensovirus

Das Genom ist bipartit (d. h. besteht aus zwei Teilen), was eine Besonderheit unter den ssDNA-Viren ist. Beide Segmente sind linear und haben Längen von ca. 6 und 6,5 kb (Kilobasen). Diese Segmente und die Komplementärstränge sind getrennt verpackt, was zu 4 verschiedenen Typen von Vollpartikeln führt.

Beide Segmente haben eine Ambisense-Organisation, kodieren für ein Strukturprotein in der einen Richtung und für Nichtstrukturproteine auf dem komplementären Strang.

  • DNA1 (alias VD1) – das größere Segment mit 6,5 kb – kodiert das Kapsidprotein VP1 (128 kDa (Kilo-Dalton)) auf einem Strang und drei Nichtstrukturproteine NS1 (14 kDa), NS2 (37 kDa) und NS3 (55 kDa) auf dem Komplementärstrang.[4]
  • DNA2 (alias VD2) – das kleinere Segment von 6 kb – kodiert das Kapsidprotein VP2 (133 kDa) auf einem Strang und das Nichtstrukturprotein NS4 (27 kDa) auf dem Komplementärstrang.[4]

Der Offene Leserahmen (en. open reading frame, ORF) mit nummer 4 (VD1-ORF4) 4 hat eine Länge von 3318 nt (Nukleotiden oder Basen) und kodiert ein vorhergesagtes Protein mit (3318/3-1=) 1105 Aminosäuren, das ein konserviertes DNA-Polymerase-Motiv aufweist. Es scheint für mindestens 2 weitere Proteine zu kodieren, darunter eines mit ca. 53 kDa, das Teil des Virions ist.[5]

Wirte

Wie der Name andeutet infiziert Bombyx mori bidensovirus die Seidenraupe (Bombyx mori).[4] Unter den noch nicht bestätigten Vorschlägen vermutet man jedoch Wirte aus dem Spektrum der Pancrustacea (Krebstiere und Insekten):

u. a. m.

Systematik

Mit Stand 30. März 2021 hat die Familie folgende Systematik (nicht-bestätigte Vorschläge nach NCBI in doppelten Anführungszeichen):[1][6]

Realm: Monodnaviria – Phylum: Cossaviricota

  • Klasse: Mouviricetes – Ordnung: Polivirales – Familie: Bidnaviridae
  • Gattung: Bidensovirus
  • Spezies: Bombyx mori bidensovirus (mit Subtypen 2, 3 und Zhenjiang)
  • Spezies „Bark beetle-associated densovirus“ alias „Dendroctonus associated bidensovirus
  • Spezies „Macrobrachium rosenbergii bidensovirus
  • vorgeschlagene Mitglieder der Familie ohne Gattungszuordnung (inklusive Contigs aus Metagenomik):
  • Spezies „Bidnavirus-like Culex mosquito virus
  • Spezies „Tasmanian devil feces bidnavirus 1

Evolution

Die Familie Bidnaviridae hat offenbar eine ziemlich „turbulente“ Vergangenheit mit evolutionäre Vergangenheit u. a. mit einer mutmaßlichen Gen-Übernahme von den dsRNA-Viren der Reoviridae.[7]

Eine umfassende Analyse der Bidnaviren-Gene hat gezeigt, dass sich diese Viren aus einem Parvoviren-Vorfahren entwickelt haben, von dem sie ein Jelly-Roll-Kapsidprotein [en] (siehe auch β-Sandwich) und eine Helikase der Superfamilie 3 geerbt haben.[7] Das Schlüsselereignis, das zur Trennung der Bidnaviren von den Parvoviren führte, könnte der Erwerb des PolB-Gens [en] gewesen sein. Als wahrscheinliches Szenario wird vermutet, dass das Genom der Parvoviren-Vorfahren in ein großes, von Viren abgeleitetes DNA-Transposon der Polinton/Maverick-Familie (Polintoviren) integriert wurde.[Anm. 1] Dies könnte zur Übernahme des PolB-Gens der Polintoviren zusammen mit „umgekehrten terminalen Wiederholungen“ (en. inverted terminal repeats) geführt haben.[8]

Anmerkungen

  1. Ein Polinton – auch Maverick genannt – ist ein genomisch großes Transposon, d. h. selbstreplizierendes DNA-Molekül, [en]

Einzelnachweise

  1. a b c d e f g ICTV: ICTV Master Species List 2019.v1, New MSL including all taxa updates since the 2018b release, March 2020 (MSL #35)
  2. Virus Taxonomy: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (2011).ISBN 978-0123846846.
  3. Peter Tijssen: 2010.021aV Create family Bidnaviridae, Vorschlag an das ICTV (akzeptiert)
  4. a b c d Bidensovirus ~ ViralZone page.
  5. G. Li, Z. Hu, X. Guo, G. Li, Q. Tang, P. Wang, K. Chen, Q. Yao: Identification of Bombyx mori Bidensovirus VD1-ORF4 Reveals a Novel Protein Associated with Viral Structural Component.. In: Curr Microbiol. S. 527–534. 18. Januar 2013. doi:10.1007/s00284-013-0306-9.
  6. NCBI: Bidnaviridae (family)
  7. a b Mart Krupovic, Eugene V. Koonin: Evolution of eukaryotic single-stranded DNA viruses of the Bidnaviridae family from genes of four other groups of widely different viruses. In: Sci Rep. 4, 2014, S. 5347. doi:10.1038/srep05347. PMID 24939392. PMC 4061559 (freier Volltext).
  8. Mart Krupovic, Dennis H. Bamford, Eugene V. Koonin: Conservation of major and minor jelly-roll capsid proteins in Polinton (Maverick) transposons suggests that they are bona fide viruses. In: Biol Direct. 9, Nr. 1, 2014, S. 6. doi:10.1186/1745-6150-9-6. PMID 24773695. PMC 4028283 (freier Volltext).
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Bidnaviridae: Brief Summary ( German )

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Bidnaviridae bezeichnet eine Familie von Viren, die monotypisch im Phylum Cossaviricota ist. Es gibt in der Familie zur Zeit (Ende März 2021) nur eine einzige offiziell vom International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) bestätigte Gattung, Bidensovirus, und in dieser nur eine anerkannte Spezies, Bombyx mori bidensovirus (BmDNV). Bidensovirus ist eine Gattung von Einzelstrang-DNA-Viren, die wirbellose Tiere infizieren. Ursprünglich schienen zwei Arten dieser Gattung (BmDNV-2 und BmDNV-3) den Parvoviridae (Unterfamilie Densovirinae) nahezustehen. Aufgrund fehlender Unterschiede zwischen diesen Beiden angenommenen Arten, aber signifikanter Unterschiede zu den Parvoviridae wurde dann eine einzige Spezies mit der bezeichneten neuen Gattung und Familie eingerichtet. Die Klade bildet innerhalb des Phylums Cossaviricota die (wesentlich kleinere) Schwesterklasse Mouviricetes der Papovaviricetes mit den Papillom- und Polyomaviren.

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Bidnaviridae

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Bidensovirus is a genus of single stranded DNA viruses that infect invertebrates. The species in this genus were originally classified in the family Parvoviridae (subfamily Densovirinae) but were moved to a new genus because of significant differences in the genomes.[1]

Taxonomy

There is one species in this genus currently recognised: Bombyx mori bidensovirus.

Host

As the name suggests this virus infects Bombyx mori, the silkworm.[2]

Virology

The virions are icosahedral, non enveloped and ~25 nanometers in diameter. They contain two structural proteins.

Genome map of genus Bidensovirus

The genome is bipartite, unique among ssDNA viruses, with two linear segments of ~6 and 6.5 kilobases (kb). These segments and the complementary strands are that are packaged separately giving rise to 4 different types of full particles.

Both segments have an ambisense organization, coding for a structural protein in one sense and the non-structural proteins on the complementary strand.

  • DNA1 (aka VD1) — the larger segment of 6.5 kb — encodes the capsid protein VP1 (128 kDa — kiloDaltons) on one strand and three non-structural proteins — NS1 of 14 kDa, NS2 of 37 kDa and NS3 of 55 kDa — on the complementary strand.
  • DNA2 (aka VD2) — the smaller segment of 6 kb — encodes the capsid protein VP2 (133 kDa) on one strand and the non-structural protein NS4 (27 kDa) on the complementary strand.

The open reading frame 4 (VD1-ORF4) is 3318 nucleotides (bases) in length and encodes a predicted (3318/3 - 1 =) 1105 amino acid protein which has a conserved DNA polymerase motif. It appears to encode at least 2 other proteins including one of ~53 kDa that forms part of the virion.[3]

Evolution

Comprehensive analysis of bidnavirus genes has shown that these viruses have evolved from a parvovirus ancestor from which they inherit a jelly-roll capsid protein and a superfamily 3 helicase.[4] It has been further suggested that the key event that led to the separation of the bidnaviruses from parvoviruses was the acquisition of the PolB gene. A likely scenario has been proposed under which the ancestral parvovirus genome was integrated into a large virus-derived DNA transposon of the Polinton/Maverick family (polintoviruses) [5] resulting in the acquisition of the polintovirus PolB gene along with terminal inverted repeats. Bidnavirus genes for a minor structural protein (putative receptor-binding protein) and a potential novel antiviral defense modulator were derived from dsRNA viruses (Reoviridae) and dsDNA viruses (Baculoviridae), respectively.[4]

References

  1. ^ Virus Taxonomy: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (2011) ISBN 978-0123846846
  2. ^ "Bidensovirus ~ ViralZone page".
  3. ^ "Li G, Hu Z, Guo X, Li G, Tang Q, Wang P, Chen K, Yao Q Identification of Bombyx mori Bidensovirus VD1-ORF4 Reveals a Novel Protein Associated with Viral Structural Component. Curr Microbiol 66, 527–534 (2013)". doi:10.1007/s00284-013-0306-9.
  4. ^ a b Krupovic M, Koonin EV (2014). "Evolution of eukaryotic single-stranded DNA viruses of the Bidnaviridae family from genes of four other groups of widely different viruses". Sci Rep. 4: 5347. doi:10.1038/srep05347. PMC 4061559. PMID 24939392.
  5. ^ Krupovic M, Bamford DH, Koonin EV (2014). "Conservation of major and minor jelly-roll capsid proteins in Polinton (Maverick) transposons suggests that they are bona fide viruses". Biol Direct. 9 (1): 6. doi:10.1186/1745-6150-9-6. PMC 4028283. PMID 24773695.

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Bidnaviridae: Brief Summary

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Bidensovirus is a genus of single stranded DNA viruses that infect invertebrates. The species in this genus were originally classified in the family Parvoviridae (subfamily Densovirinae) but were moved to a new genus because of significant differences in the genomes.

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Bidnaviridae ( Spanish; Castilian )

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Bidnaviridae es una familia de virus de ADN monocatenario que infectan a los invertebrados. Las especies de esta familia se clasificaban en la familia Parvoviridae (subfamilia Densovirinae) pero se trasladaron a una nueva familia debido a diferencias significativas en los genomas.[1]

Características

Los viriones son icosaédricos de ~ 25 nanómetros de diámetro y no tienen envoltura vírica. Contienen cinco proteínas estructurales. El genoma es bipartito, único entre los virus de ADN monocatenario con dos segmentos lineales de ~ 6 y 6,5 kilobases. Estos segmentos y las hebras complementarias son que se empaquetan por separado dando lugar a 4 tipos diferentes de partículas completas. Ambos segmentos tienen una organización ambisentido, que codifica una proteína estructural en un sentido y las proteínas no estructurales en la cadena complementaria. El ADN1, el segmento más grande de 6.5 kb, codifica la proteína de la cápside VP1 (128 kiloDaltons) en una hebra y tres proteínas no estructurales: NS1 de 14 kiloDaltons (kDa), NS2 de 37 kDa y NS3 de 55 kDa — en la hebra complementaria. El ADN2, el segmento más pequeño de 6 kb, codifica la proteína de la cápside VP2 (133 kDa) en una hebra y la proteína no estructural NS4 (27 kDa) en la hebra complementaria. El marco de lectura abierto 4 tiene una longitud de 3318 nucleótidos y codifica una proteína de 1105 aminoácidos prevista que tiene un motivo de ADN polimerasa conservado. Parece codificar al menos otras 2 proteínas, incluida una de ~ 53 kiloDaltons (kDa) que forma parte del virión. La replicación viral se produce en el núcleo.[2][3]

Origen y evolución

Los análisis de los genes de los bidnavirus ha demostrado que estos virus han evolucionado a partir de un antepasado parvovirus del que heredan una proteína de la cápside en forma de gelatina y una helicasa de la superfamilia 3. Se ha sugerido además que el evento clave que llevó a la separación de los bidnavirus de los parvovirus fue la adquisición de la ADN polimerasa PolB. Según los análisis los bidnavirus se originaron de un evento en el que un transposón polinton se integró en la cápside de un parvovirus remplazando el genoma y la polimerasa típica de los parvovirus, lo que llevó a la adquisión de la polimerasa PolB junto con repeticiones terminales invertidas. Los genes de bidnavirus para una proteína estructural menor (proteína de unión al receptor putativo) y un posible modulador de defensa antiviral novedoso se adquirieron de virus ARN bicatenario (Reoviridae) y virus ADN bicatenario (Baculoviridae), respectivamente.[4][5]

Referencias

  1. Virus Taxonomy: Ninth Report of the International Committee on Taxonomy of Viruses (2011) ISBN 978-0123846846
  2. «Bidnaviridae ~ ViralZone page».
  3. «Li G, Hu Z, Guo X, Li G, Tang Q, Wang P, Chen K, Yao Q Identification of Bombyx mori Bidensovirus VD1-ORF4 Reveals a Novel Protein Associated with Viral Structural Component. Curr Microbiol 66, 527–534 (2013).». doi:10.1007/s00284-013-0306-9.
  4. Krupovic M, Bamford DH, Koonin EV (2014). «Conservation of major and minor jelly-roll capsid proteins in Polinton (Maverick) transposons suggests that they are bona fide viruses». Biol Direct 9 (1): 6. PMC 4028283. PMID 24773695. doi:10.1186/1745-6150-9-6.
  5. Krupovic M, Koonin EV (2014). «Evolution of eukaryotic single-stranded DNA viruses of the Bidnaviridae family from genes of four other groups of widely different viruses». Sci Rep 4: 5347. PMC 4061559. PMID 24939392. doi:10.1038/srep05347.
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Bidnaviridae: Brief Summary ( Spanish; Castilian )

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Bidnaviridae es una familia de virus de ADN monocatenario que infectan a los invertebrados. Las especies de esta familia se clasificaban en la familia Parvoviridae (subfamilia Densovirinae) pero se trasladaron a una nueva familia debido a diferencias significativas en los genomas.​

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