Дігенеї містять як мінімум 50 родин.
Acanthocolpidae Derogenidae Haplosplanchnidae Paramphistomidae Accacoeliidae Dicrocoeliidae Hemiuridae Paragonimidae Allocreadiidae Didymozoidae Heronomidae Philophthalmidae Angiodictyidae Diplostomidae Heterophyidae Plagiorchiidae Apocreadiidae Echinostomatidae Lecithasteridae Sanguinicolidae Atractotrematidae Enenteridae Lepocreadiidae Schistosomatidae Azygiidae Fasciolidae Microphallidae Sclerodistomidae Bivesiculidae Faustulidae Monorchiidae Strigeidae Bucephalidae Fellodstomidae Nasitrematidae Syncoeliidae Campulidae Gorgoderidae Notocotylidae Tandanicolidae Cryptogonimidae Gyliauchenidae Opecoelidae Transversotrematidae Cyclocoelidae Haploporidae Opisthorchiidae ZoogonidaeОкремі родини є базальними, або incertae sedis: