微孢子蟲(學名:Microsporidea)為羅茲菌門下的一綱。它是由孢子形成的單細胞寄生蟲。目前多於一百萬種微孢子蟲中的1500種版命名。微孢子蟲只能寄生於動物宿主。大部份的動物物種都可以被微孢子蟲寄生,包括人類。它多數感染昆蟲,也是甲殼和魚的常見疾病。一般的来说,已经命名的微孢子蟲會專門感染指定的物種。而部分物種可能會感染人類,它們多是伺機感染原,在人體免疫力下降時才造成感染。
約有10%的物種是脊椎動物的病原。
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