單鞭毛生物（英语：Unikont）是指細胞中拥有（或其祖先拥有）单個鞭毛的真核生物。現今的研究猜測單鞭毛生物會是後鞭毛生物（動物、真菌和其他相關類型）和變形蟲的祖先，而雙鞭毛生物（有兩個鞭毛的真核細胞）則是泛植物（植物和其近親）、古蟲界、有孔蟲界和囊泡藻界等生物的祖先。
單鞭毛生物中存在一個三基因的融合：与嘧啶生物合成的有关的氨甲酰磷酸合成酶Ⅱ（C）、天冬氨酸转氨甲酰酶（A）和二氫乳清酸酶（D）融合成了一个CAD基因，而這三個基因在原核生物或雙鞭毛生物中是单独表达的[1]。這必定包含有兩次的融合，一對很稀少的事件，使之成為了後鞭毛生物和變形蟲的共同祖先。
湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯曾认为單鞭毛生物的共同祖先有單一個中心粒[1][2]，然而最近的观点是單鞭毛生物的共同祖先是有兩個中心粒但只有一条鞭毛的生物，双中心粒（如动物细胞内由两个中心粒组成的中心体）的來源和雙鞭毛生物上的不同，為趨同進化的一種。[1]
