壶菌(英语:Chytridiomycota)是一类具有動孢子(英语:zoospore)的真菌。其名稱来源于希腊文χυτρίδιον(chytridion),意思是“小壶”,因其產生動孢子的結構動孢子囊而得名。壺菌是真菌演化的過程中,最早分支出去的類群之一。壺菌多為腐生,釋放酵素分解環境中的腐爛的有機物,再以滲透營養(英语:osmotrophy)取得養分,也有一些壺菌寄生在別的生物中,例如造成兩生類壺菌病的蛙壺菌。
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