Gentiana clusii è una genziana dai fiori grandi e stelo corto, molto simile a Gentiana acaulis. Le due specie differiscono per la presenza o l'assenza delle strisce verdi all'interno della corolla, per la forma degli angoli tra i petali, ma soprattutto nella loro ecologia, con G. clusii che preferisce le zone calcaree, e G. acaulis che si trova sulle rocce silicee.
La genziana di Clusius è una specie delle montagne dell'Europa meridionale con gravitazione orientale (manca sui Pirenei), presente sulle Alpi, gli Appennini, Giura, la Foresta Nera e i Carpazi.
L'epiteto specifico ha preso il nome da Charles de l'Écluse (Carolus Clusius), uno dei primi botanici a studiare la flora alpina.
