Raoultella

Raoultella planticola sur gélose MacConkey, montrant un résultat positif (le microorganisme a la capacité de dégrader le lactose, ce qui est détecté par l'indicateur de pH rouge neutre). La technique de l'isolement se fait en utilisant 13 stries.

Raoultella est un genre de bactéries de la famille des Enterobacteriaceae et de la classe gamma-protéobactéries. Ubiquitaires dans l'environnement naturel, ces bactéries sont également des pathogènes opportunistes ou émergents. Le genre Raoultella est très proche du genre Klebsiella dont il a été séparé en 2001 et sa légitimité reste débattue au sein de la communauté scientifique.

Description

Les bactéries de ce genre sont des bâtonnets gram négatifs, oxydase négatives, catalase positives, aérobies (anaérobies facultatives), non motiles, capsulés^[1]. La croissance à 10 °C est une des caractéristiques de ce genre^[1].

Dans les infections humaines, les espèces de Raoultella sont généralement sensibles au traitement par les carbapénèmes^[2].

Taxonomie

Historique

De nombreuses études ont montré que le genre Klebsiella était polyphylétique^[3],[4] et de ce fait a subi de nombreuses modifications taxonomiques^[5],[6]. En 2001, Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, du laboratoire de bactériologie de l'hôpital de la Timone décrivent le genre Raoultella en y plaçant trois espèces du genre Klebsiella sur des critères phylogénétiques, biochimiques et phénotypiques^[1],[7],[8]. Le nom de ce nouveau genre a été validé en 2001 puis accepté conditionnellement en 2005^[9],[10] sous réserve d'études de séquençages complémentaires^[11]. En 2007, le conseil d'administration de la Taxonomie des Bactéries et Archae a validé la nouvelle combinaison^[12] et les banques de cultures bactériennes ont pu commencer à appliquer les nouvelles dénominations.

En 2014, une nouvelle espèce, Raoultella electrica est ajoutée par Kimura et al.^[13].

En novembre 2021, après la proposition de Ma et al., la reclassification de R. electrica en Klebsiella electrica est considérée « publiée de manière non valide^[14] ». Par ailleurs, au 29 mars 2022, le statut de correct name est conservé uniquement pour le genre Raoultella pour ce qui concerne les 4 espèces de ce genre^[7].

Étymologie

Lors de sa description, le genre Raoultella (Ra.oul.tel′la. M.L. dim. suffixe -ella ; M.L. fem. n. Raoultella) a été nommé d'après le bactériologiste français Didier Raoult^[7],[1].

Phylogénies

En 2001, des analyses phylogénétiques d'espèces du genre Klebsiella, ainsi que d'espèces parmi d'autres genres de la famille des Enterobacteriaceae, et portant sur deux gènes de référence en taxonomie (l'ARNr 16S et rpoB) révèlent que le genre Klebsiella est hétérogène^[1]. Ce genre est alors scindé en deux et le genre Raoultella créé, intégrant les espèces K. ornithinolytica, K. planticola, K. trevisanii (synonyme de K. planticola) et K. terrigena^[1]. Une autre étude phylogénétique portant sur les gènes gyrA et parC, publiée en parallèle dans le même journal confirme l'hétérogénéité du genre Klebsiella où « les données des séquences supportent la séparation évolutive de K. pneumoniae d'un groupe phylogénétique incluant K. oxytoca, Klebsiella planticola et Klebsiella ornithinolytica^[15]. »

En 2005, un séquençage des gènes tuf et atpD sur 96 souches d'entérobactéries d'intérêt clinique représentant 78 espèces de 31 genres confirme la séparation des Klebsiella et des Raoultella en plusieurs clusters distincts^[16]. Les auteurs précisent que les Raoultella ont probablement divergé récemment^[16]. Ces résultats sont confirmés par une nouvelle phylogénie basée sur l'AFLP^[17].

En 2009, une nouvelle étude basée sur le séquençage des gènes de l'ARNr 16S et rpoB incluant l'ensemble des espèces de Klebsiella et de Raoultella connues à cette date confirme « la bifurcation des arbres laquelle confirme la séparation des genres Raoultella et Klebsiella^[18]. »

En 2014, une nouvelle analyse phylogénétique basée sur le gène de l'ARNr 16S mais incluant l'ensemble des espèces et tous les genres de la famille des Enterobacteriaceae différencie le genre Raoultella des Klebsiella, et conclut que « [...] Providencia, Raoultella [...] sont regroupées dans un seul cluster (chacune) [...] et donc sont très certainement monophylétiques », alors que « sept genres [...] Escherichia, Klebsiella [...] sont certainement polyphylétiques^[5] » avec les Klebsiella séparées en trois groupes^[5],[19]. Les auteurs de cette étude analysent la polyphylie des Klebsiella en expliquant que lors de sa description « l'assignation taxonomique (de K. michiganensis) semblait robuste mais exposait le problème de ne pas inclure suffisamment d'autres espèces et genres pour s'assurer de l'identité de genre de la nouvelle espèce^[5]. » Cette même année, une autre étude phylogénétique des klebsielles montre que R. ornithinolytica est située à proximité de l'arbre phylogénétique de klebsielles, sur une branche proche de K. oxytoca. Dans cette étude, les auteurs concluent que le genre Raoultella devrait être abandonné au profit d'un genre Klebsiella avec une définition large^[20].

Le logiciel de diagnostic médical BIBI classe les Raoultella dans un cluster distinct mais à proximité de celui des Klebsiella pneumoniae qui sont elles-mêmes séparées du cluster des Klebsiella oxytoca par celui du genre Klyuvera^[21]. La réunification des espèces du genre Raoultella avec Klebsiella est explicitement demandée à nouveau par Ma et al. en juin 2021 (« we propose to reunify Klebsiella and Raoultella to the single genus Klebsiella and reclassify Raoultella electrica as Klebsiella electrica comb. nov. »)^[22]. Cependant d'autres analyses phylogénétiques dont celle de la base Genome Taxonomy Database^[23], base intégrée avec le Bergey's Manual of Systematic Bacteriology comme faisant autorité pour les génomes bactériens, concluent, dès 2018 et aussi en 2021, au maintien des Raoultella et à la présence de deux groupes génomiques distincts pour les Klebsiella^{[23],[24],[22]}. Au 29 mars 2022, la proposition n'est pas retenue par l'ICSP, et la base LPSN (qui fait autorité en nomenclature bactérienne) maintient le statut de correct name au genre Raoultella^[14].

Liste d'espèces

Bactérie Raoultella planticola dans un tube à essai.

Les espèces pour ce genre sont :

• Raoultella electrica Kimura et al., 2014 — souche : 1GB^T[13] = NBRC(en) 109676^T = KCTC 32430^T = DSM 102253^{T[25],[7],[26],[27]}
• Raoultella ornithinolytica (Sakazaki et al., 1989) Drancourt et al., 2001 — souche : ATCC 31898^{T[1],[7],[28],[29],[30],[31]}
• Raoultella planticola (Bagley et al., 1982) Drancourt et al., 2001 — souche : ATCC 33531^{T[1],[7],[32],[33],[34],[35]}
• Raoultella terrigena (Izard et al., 1981) Drancourt et al., 2001 — souche : ATCC 33257^{T[1],[7],[36],[37],[38],[39]}

Habitat

Les Raoultella sont occasionnellement retrouvées dans les muqueuses de mammifères, dont celles de l'Homme, mais les habitats naturels les plus importants sont les plans d'eau, l'eau potable, le sol et les plantes^[1]. Ce dernier habitat est d'ailleurs à l'origine du nom de l'espèce Raoultella planticola, dont l'épithète spécifique planticola signifie « habitant des plantes »^[32].

Pathogénie

Raoultella planticola peut causer diverses infections, telles que la fasciite nécrosante, la cystite, la cholécystite, la pancréatite, les maladies hépatiques et les infections des tissus mous^[40]. Entre 2011 et 2015, au moins quatre cas de conjonctivite causées par Raoultella planticola ont été signalées^[41].

Raoultella terrigena est un pathogène opportuniste rare, qui peut provoquer des infections nosocomiales avec un taux de mortalité élevé^[42].

L'espèce Raoultella ornithinolytica a été impliquée dans des cas de septicémies néonatale ainsi que chez chez des adultes^[43],[44].

Annexes

Notes et références

1. ↑ ^{a b c d e f g h i et j} (en) Michel Drancourt, Claude Bollet, Anne Carta et Patricia Rousselier, « Phylogenetic analyses of Klebsiella species delineate Klebsiella and Raoultella gen. nov., with description of Raoultella ornithinolytica comb. nov., Raoultella terrigena comb. nov. and Raoultella planticola comb. nov. », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Society for General Microbiology (d), vol. 51, n^o 3,‎ 1^er mai 2001, p. 925-932 (ISSN et , OCLC , PMID , DOI )
2. ↑ (en) Alicja Sêkowska, Tomasz Bogiel, Marcin Woźniak et Eugenia Gospodarek-Komkowska, « Raoultella spp. – reliable identification, susceptibility to antimicrobials and antibiotic resistance mechanisms », Journal of Medical Microbiology (en), vol. 69, n^o 2,‎ 1^er février 2020, p. 233–238 (ISSN , PMID , DOI )
3. ↑ Octavia et Lan 2014, p. 254.
4. ↑ Analyses des gènes ARNr16S en 1998, infB en 1999, rpoB en 1997, groE en 1997 et gyrB en 2002
5. ↑ ^{a b c et d} Octavia et Lan 2014, p. 235.
6. ↑ reclassification de Calymmtobacterium granulomatis en K. granulomatis, modifications du statut des espèces et/ou sous-espèces de K. pneumoniae, K. ozaenae, K. rhinoscleromatis, statut de Enterobacter aerogenes et K. mobilis
7. ↑ ^{a b c d e f et g} (en) « Genus Raoultella » , sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 20 septembre 2021).
8. ↑ (en) « Raoultella » , sur Encyclopédie de la Vie (consulté le 20 septembre 2021)
9. ↑ Brenner et Krieg 2005, p. 190.
10. ↑ Brenner et Krieg 2005, p. 213.
11. ↑ Brenner et Krieg 2005, p. 692-693.
12. ↑ Garrity et Lilburn 2007, p. 233.
13. ↑ ^{a et b} (en) Zen-ichiro Kimura, Kyung Mi Chung, Hiroaki Itoh, Akira Hiraishi et Satoshi Okabe, « Raoultella electrica sp. nov., isolated from anodic biofilms of a glucose-fed microbial fuel cell », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, Society for General Microbiology (d), vol. 64, n^o 4,‎ 21 janvier 2014, p. 1384-1388 (ISSN et , OCLC , PMID , DOI ).
14. ↑ ^{a et b} (en) « Species "Klebsiella electrica" » , sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 10 novembre 2021)
15. ↑ (en) Sylvain Brisse et Jan Verhoef, « Phylogenetic diversity of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca clinical isolates revealed by randomly amplified polymorphic DNA, gyrA and parC genes sequencing and automated ribotyping », International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 51, n^o 3,‎ 2001, p. 915-924 (DOI )
16. ↑ ^{a et b} Sonia Paradis, Maurice Boissinot, Nancy Paquette, Simon D. Bélanger, Eric A. Martel, Dominique K. Boudreau, François J. Picard, Marc Ouellette, Paul H. Roy et Michel G. Bergeron, « Phylogeny of the Enterobacteriaceae based on genes encoding elongation factor Tu and F-ATPase β-subunit », International journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, vol. 55,‎ 2005, p. 2013-2025 (DOI )
17. ↑ D. Jonas, B. Spitzmüller, F.D. Daschner, J. Verhoef et S. Brisse, « Discrimination of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca phylogenetic groups and other Klebsiella species by use of amplified fragment length polymorphism », Res Microbiol., vol. 155, n^o 1,‎ février 2004, p. 17-23 (DOI )
18. ↑ (es) Nelson Enrique Arenas, Andrés Julián Gutiérrez, Luz Mary Salazar et Juan Carlos Polanco, « Construcción de una filogenia molecular para las especies de los géneros Klebsiella y Raoultella basada en los genes ARNr 16S y ARN polimerasa subunidad », Revista Ciencias de la Salud, Universidad del Rosario, Bogota, vol. 7, n^o 2 (Mai-Août),‎ 2009, p. 22-29 (ISSN )
19. ↑ Un groupe contenant la majorité des Klebsiella, un groupe contenant K. oxytoca et Enterobacter gergoviae, un groupe contenant K. michiganensis proche du groupe K. oxytoca mais indépendant
20. ↑ (en) Corey Hudson, Zachary W. Bent, Robert J. Meagher et Kelly P. Williams, « Resistance determinants and mobile genetic elements of an NDM-1-encoding Klebsiella pneumoniae strain », PLOS ONE, Public Library of Science, vol. 9, n^o 6,‎ 2014, e99209 (ISSN , OCLC , PMID , PMCID , DOI )
21. ↑ Denis et al. 2016, p. 66.
22. ↑ ^{a et b} (en) Yuanyuan Ma, Xiuqin Wu, Shuying Li, Lie Tang, Mingyue Chen et Qianli An, « Proposal for reunification of the genus Raoultella with the genus Klebsiella and reclassification of Raoultella electrica as Klebsiella electrica comb. nov. », Research in Microbiology, Elsevier, vol. 172, n^o 6,‎ juin 2021, p. 103851 (ISSN et , DOI ).
23. ↑ ^{a et b} Donovan H Parks, Maria Chuvochina, David W Waite, Christian Rinke, Adam Skarshewski, Pierre-Alain Chaumeil et Philip Hugenholtz, « A standardized bacterial taxonomy based on genome phylogeny substantially revises the tree of life », Nature Biotechnology, vol. 36, n^o 10,‎ novembre 2018, p. 996-1004 (DOI )basée sur la plus grande collection de génomes les plus complets du monde
24. ↑ « Taxonomy Tree (Enterobacteriaceae) - Release 06-RS202 », sur Genome Taxonomy DataBase (GTDB), 27 avril 2021 (consulté le 25 janvier 2022)
25. ↑ (en) « Raoultella electrica – DSM 102253 », sur Leibniz Institute – DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures (consulté le 30 mai 2020).
26. ↑ (en) « Species Raoultella electrica » , sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 12 octobre 2021).
27. ↑ (en) « Raoultella electrica » , sur National Center for Biotechnology Information (consulté le 5 novembre 2021).
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29. ↑ (en) « Raoultella ornithinolytica » , sur National Center for Biotechnology Information (consulté le 5 novembre 2021).
30. ↑ (en) « Raoultella ornithinolytica (Sakazaki et al.) Drancourt et al. » , sur American Type Culture Collection (consulté le 5 novembre 2021).
31. ↑ (en) « Raoultella ornithinolytica » , sur Encyclopédie de la Vie (consulté le 7 novembre 2021).
32. ↑ ^{a et b} (en) « Species Raoultella planticola » , sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 12 octobre 2021).
33. ↑ (en) « Raoultella planticola » , sur National Center for Biotechnology Information (consulté le 5 novembre 2021).
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35. ↑ (en) « Raoultella planticola » , sur Encyclopédie de la Vie (consulté le 7 novembre 2021).
36. ↑ (en) « Species Raoultella terrigena » , sur List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (consulté le 5 novembre 2021).
37. ↑ (en) « Raoultella terrigena » , sur National Center for Biotechnology Information (consulté le 5 novembre 2021).
38. ↑ (en) « Raoultella terrigena (Izard et al.) Drancourt et al. » , sur American Type Culture Collection (consulté le 5 novembre 2021).
39. ↑ (en) « Raoultella terrigena » , sur Encyclopédie de la Vie (consulté le 7 novembre 2021).
40. ↑ (en) « Raoultella planticola: A Rare Cause of Wound Infection » , sur National Institutes of Health, novembre 2017 (consulté le 9 novembre 2021).
41. ↑ (en) « Four cases of Raoultella planticola conjunctivitis » , sur Nature (journal), 8 janvier 2016 (consulté le 5 novembre 2021).
42. ↑ (en) Nadiia Lekhniuk, Ulbolgan Fesenko, Yaroslav Pidhirnyi, Alicja Sękowska, Olena Korniychuk et Yulian Konechnyi, « Raoultella terrigena: Current state of knowledge, after two recently identified clinical cases in Eastern Europe », Clinical Case Reports, vol. 9, n^o 5,‎ 31 mars 2021, e04089 (DOI ).
43. ↑ (en) Deniz Yaprak, Mina Misirligil, Ali Dinç Bozat et Belma Saygili Karagol, « Neonatal Community-acquired Raoultella Ornithinolytica Septicemia: A Case Report and Review of the Literature », Pediatr Infect Dis J., vol. 40, n^o 10,‎ 1^er octobre 2021, e370-e373 (DOI )
44. ↑ (en) Abayomi Tayo et Kwaku Nyame, « Sepsis From Multisystem Infection With Multidrug-Resistant Raoultella ornithinolytica », Cureus, vol. 14, n^o 1,‎ 5 janvier 2022, e20975 (DOI )