ハエ亜目（短角亜目、Brachycera）は、ハエ目（双翅目）に属する分類群の一つ。いわゆるハエ、アブを含む大きなグループである。
ハエ亜目は世界中に分布する分類群で、現生種だけで約95科約80000種が記録されている[1]。約200万年以上前に分岐して発生した分類群と考えられており、現生で非常に繁栄しているグループの一つである[1]。ハエ亜目に属する種は形態的、生態的に非常に多様で、同じ双翅目に属するカ亜目よりはるかに多様度が高い[1]。
ハエ亜目の学名 Brachycera は、ギリシャ語で「短い角」（short-horned）を意味し、双翅目の中でも触角が短いことを示している[2]。
触角は通常3節以下で構成され、最も先端の節には触角刺毛か触角筆突起を生じる[3]。小顎鬚（maxillary pulps）は、カ亜目では通常3小節以上に分節するが、ハエ亜目の種はふつう2小節以下に分節する[3]。
幼虫は蛆型で、脚はない。通常体節は12節以下で、体節が13節以上あるカ亜目の幼虫とは区別できる[4][5]。気門は9対[4][5]。
ハエ亜目の単型性は、分子系統学的なデータや、形態的な特徴によって支持されている[1]。
伝統的な下位分類群として、直縫短角群（Orthorrhaphous、ハエ下目（環縫短角群）を除く下目を含む）、無額嚢節 Aschiza、額嚢節 Schizophora （ともにハエ下目内の分類群）などの群や節を設けることもあるが、これらは側系統群であると考えられている[1]。
