Має пряме, нерозгалужене коричнево-зелене стебло заввишки від 15-20 до 40 см, на якому спірально розташовується вузьке зелене листя. Зозулин льон фіксується в ґрунті ризоїдами, що поглинають воду з розчиненими в ній мінеральними солями, а в хлоропластах листя проходить процес фотосинтезу. Росте угруповуваннями в вологих місцях. Окрема рослина складається з єдиного нерозгалуженого стебла, густо вкритим спіральними виростами (листками). У верхній частині, на яку потрапляє світло, стебло та листки зелені, у нижній - жовто-бурі (тому що в умовах недостатньої освітленості хлорофіл руйнується). При основі нижньої частини стебла помітні волосоподібні відростки. Це - ризоїди.
Стебло зозулиного льону вкрите шкіркою, під якою розміщений шар механічної тканини, а під нею - маса клітин основної, що займає більшу частину стебла.
Деякі види:
