ゴマノハグサ科（Scrophulariaceae）は、双子葉植物のシソ目に属する科のひとつ。草本または低木からなる。世界的に分布し特に温帯や熱帯の高山に多い。花は左右相称、花弁は合着して4-5裂し、シソ科に似た唇状、あるいは筒状になるものもある。果実は2つに裂ける。
約56属2100種が属する[1]。
次の属はかつてゴマノハグサ科とされていたが、APG植物分類体系で他の科へ移された。
次の属は従来別科とされていた。
APG分類体系のシソ目の系統樹を示す。詳細については議論があり必ずしも確定的なものではないが、旧ゴマノハグサ科は少なくとも太字の数グループに分けられた。科名は系統に基づく新分類、カッコ内は旧分類。
ハマウツボ科（旧ゴマノハグサ科の多くを含む）
キリ科（旧ノウゼンカズラ科またはゴマノハグサ科）
ハエドクソウ科（旧ゴマノハグサ科の多くを含む）
シソ科（旧クマツヅラ科の一部を含む）
シュレーゲリア科（旧ゴマノハグサ科）
ゴマノハグサ科（旧フジウツギ科、ハマジンチョウ科も含む）
スティルベ科（旧クマツヅラ科）
オオバコ科（旧ゴマノハグサ科の多くとアワゴケ科、スギナモ科、グロブラリア科を含む）
カルセオラリア科（旧ゴマノハグサ科）
（R. G. Olmstead et al.: American Journal of Botany 2001;88:348-361、K. Müller et al.: Plant biol (Stuttg) 2004;6:477-490等による）
