Брачный период начинается в феврале — марте. Основные места гнездования — дупла старых тополей, ильмов, реже — дубов, ясеней, находящихся недалеко от воды. Иногда селится в чужих гнёздах, своих рыбный филин не строит. Филин откладывает 2, реже 3 яйца, насиживание продолжается 35—37 дней, птенцы покидают гнездо на 35—50-й день, но ещё долго докармливаются родителями и остаются на их участке до следующей зимы. Половой зрелости филины достигают на третий год.
