У мікроспоридій відсутні мітохондрії але наявні мітосоми. Також відсутні структури, необхідні для руху, джгутики. Високовитривалі спори мікроспоридій здатні виживати зовні організму хазяїна протягом кількох років. Елементи морфології спор є таксономічною ознакою. Спори більшості видів є овальними або грушовидними, але також існують паличковидні та сферичні. Окремі роди мають спори унікальної форми.
Спори мають захисну оболонку, що складається із трьох шарів:
У більшості випадків існує два тісно пов'язаних ядра, що утворюють діплокаріон; іноді є тільки одне ядро. Передня половина спори містить гарпун-подібний апарат із довгими ниткоподібними полярними нитки, які звернуті у задній половині спори. Передня частина полярних ниток оточена поляропластом і мембранними ламелами. За полярними нитка розташована задня вакуоль.[1]
Захворювання, що викликаються мікроспоридіями, несуть як негативні, так і позитивні наслідки для людини. Майже 150 років відзначаються значні збитки у господарстві в наслідок епізоотий нозематозів у тутового Bombyx mori і дубового Antheraea perny шовкопрядів, а також у бджіл Apis mellifera. Крім того описані випадки масової загибелі інших безхребетних: комах-ентомофагів, опилювачів; ракоподібних — рака річкового (Astacus astacus) та крабів; молюсків — мідії їстівної (Mytilus edulus) в марикультурі. Широко поширені мікроспоридіози у риб, заражаючи у них мускулатуру (Pleistophora), мезентерій і кишечник (Glugea), репродуктивні органи (Glugea, Coccospora) і навіть центральну нервову систему (Spraguea lophii). Описані випадки масового зараження (до 70-100%) мікроспоридією Glugea takedai ікринок у горбуши (Oncorhynchus gorbuscha) і сими (O. masou), що призводять до різкого падіння плодовитості цих риб. Випадки захворювання мікроспоридіозами ссавців і птахів як правило закінчуються загибеллю. Особливу проблему являють собою мікроспоридіози людини. До недавнього часу були відомі лише окремі випадки захворювання людей, зазвичай у тих, хто працював на кролячих фермах (паразит кролів — Encephalitozoon cuniculi). На даний час відомо 13 видів паразитів, що викликають у людей, хворих на СНІД, захворювання очей — кератит і блефарит, хронічну діарею або генералізовану міопатію з летальним кінцем.[4]
Протягом певного часу мікроспоридій вважали дуже примітивними еукаріотами, особливо через відсутність мітохондрій, і поміщали разом з іншими найпростішими, такими як Diplomonadida, Parabasalia і Archamoebae до примітивної групи Archezoa. Пізніші дослідження спростували ці положення. Тим не менш, мікроспоридії вважаються дуже розвиненими і спеціалізованими організмами, які просто позбавилися непотрібних функцій, оскільки вони живляться за рахунок хазяїна.[5] В цілому, спороутворюючі організми мають складну систему розмноження, як статевого так і безстатевого.
В даний час мікроспоридій відносять до грибів, або як сестринську групу грибів із загальним предком.[6][7][8][9]
Поділяються на два класи із такою систематикою:
Натомість Воссбрінк і Дебрюнер-Воссбрінк (Vossbrinck & Debrunner-Vossbrinck) запропоновали три класи мікроспоридій, на основі середовища їх існування: Aquasporidia, Marinosporidia і Terresporidia.[10]
